DNA diagnostika, praktické postřehy pro základní vybavení laboratoře přístroji a metodikou II.

• | Tisk |

Podrobnosti

Vytvořeno 13. červen 2008

Napsal Mirka Horáková

Na obrázku:
Rotor-Gene 6000

V současnosti představuje diagnostika pomocí DNA velmi rychle se rozvíjející obor. Mnoho laboratoří, které se rozhodly uplatnit v tomto odvětví, dnes stojí před otázkou, jaké přístroje bude nutné nakoupit a jaké metody bude nejlepší zavést pro rutinní provádění detekce DNA nebo RNA patogenů a specifických úseků lidské DNA, popř. RNA.

Finanční náročnost PCR + reverzní hybridizace na mikrodestičkách

Finanční náročnost této varianty je podobná jako u detekce elektroforézou. Výhodou ovšem může být větší spolehlivost metody, identita PCR produktu je potvrzena ještě hybridizací. Manipulace se vzorky je bezpečná a časová náročnost celé procedury je obdobná (cca 5-6 hodin). Pokud je finální produkt hybridizace charakteristický emisí záření při určité vlnové délce, je využito čtečky mikrodestiček (tzv. Elisa reader).

Soupravy pro detekci DNA touto metodou jsou opět dodávány komerčními výrobci, z nichž někteří dodávají vše v podobě kompletního balíku obsahujícího amplifikační a detekční soupravu, Elisa reader a vyhodnocovací software i s počítačem. Jiní výrobci umožňují použití libovolného Elisa readeru schopného detekovat příslušnou vlnovou délku; k ceně PCR cykleru je pak nutné připočíst minimálně 110 000 Kč.                            

Finanční náročnost PCR + reverzní hybridizace pomocí stripů

Výrazně ušetřit lze v případě detekce finálních produktů hybridizace pomocí stripů, protože výsledkem reakce je narůžovělý až fialový proužek, viditelný pouhým okem. Většina výrobců této DNA diagnostiky nabízí také speciální software, který po naskenování stripu zjednodušší interpretaci nejasně vybarvených proužků.

V České republice nabízí tyto výrobky 4 distributoři: firma Pentagen soupravy firmy ViennaLab, Eurotex soupravy Hain Lifesciences, Medisco soupravy Autoimmun Diagnostika (GeneID) a Ascomed soupravy Innogenetics.   

Pro manipulaci se stripy je ovšem nutné zakoupit třepací vodní lázeň (minimálně 55 000 Kč) s přesnou teplotní regulací (± 0,5°C). Firmy ViennaLab, GeneID a  Hain Lifescience umožňují místo třepací vodní lázně využití termotřepačky (např firma Biosan), která zvýhodňuje využití této metodiky; v kombinaci s vodní lázní bez třepacího nástavce jde poté o částku cca 35 000 Kč. Celkové náklady na zavedení této varianty pak nepřekročí 180 000 Kč. Cena za jeden strip začíná na částce 480Kč a v závislosti na počtu sond, množstevních slevách nebo výrobci končí na částce přibližně 3000 Kč.

       

Cenově i z praktického hlediska je stanovení na stripech výhodné v případě určení více genů najednou. Výsledkem jedné reakce může být například detekce patogenu a jeho rezistence k antibiotikům (stripy pro detekci MRSA resistentních stafylokoků, Mycobacteria...) nebo možnost selekce patogena v rámci lokálních infekcí (stripy pro sexuálné přenosné nemoci "STD" nebo infekce CNS...).

Výsledky takových stanovení mají okamžitý praktický dopad, který bývá v případě genetického testování často diskutován. Vzhledem k rychlosti procedury jsou některá stanovení také výhodnější než klasické mikrobiologické postupy. Zajímavá je také možnost současné detekce více lidských genů a jejich mutací (např. "hematologické" stripy), zde je ovšem potřeba pečlivě zvážit interpretaci výsledku. Prakticky využitelné jsou také stripy, které umožňují, na základě genetické výbavy, přizpůsobit dávku léku (např. PGX-Thrombo od ViennaLab), a tak zamezit případnému předávkování nebo stripy detekující mutace pro nesnášenlivost lepku nebo laktózy.

Co ještě nezapomenout

Ke všem metodám je ještě nutné přičíst náklady na přístroje a někdy také soupravy pro izolaci DNA (centrifuga, suchý blok, Vortex ...), které představují cca 60 000 Kč, a také náklady na spotřební zboží (pipety, špičky, zkumavky, stojánky...).

Nemalou část rozpočtu je také potřeba vynaložit na zavedení jednotlivých metod a nákup souprav a absolvování porovnávacích zkoušek pro jednotlivá stanovení. Při rozhodování hraje také důležitou roli finanční ohodnocení jednotlivých metodik kódy zdravotní pojišťovny a následná finanční konkurenceschopnost v očích lékařů.

Je tedy jen na uvážení každé laboratoře, pro kterou metodu se rozhodne a jakým způsobem přispěje k současné vlně zájmu o genetické testování.

Ke stažení:
Kompletní nabídka výrobců DNA diagnostiky pomocí reverzní hybridizace na stripech.pdf (140,4 kB)